萌发菌是指能侵入天麻种子的种胚，并为种胚发育、生长提供营养，能够促使种子发芽的一类真菌。目前研究最多、应用最广的萌发菌为紫萁小菇（Mycenaosmundi-colaLange）。天麻播种之后，与紫萁小菇等萌发菌的菌丝接触，萌发菌的菌丝依靠基质的营养侵入种胚，被种胚细胞消化获得营养物质，分生细胞不断分裂，胚体生长增大，形成原生球茎。原生球茎突破种皮而萌发，萌发后的原生球茎仍依靠萌发菌获得营养，继续生长，形成营繁茎。此时若不能及时与蜜环菌接触建立营养关系，仅依靠萌发菌已不能满足营养需要，其营繁茎较小、细长，顶端虽能形成瘦小的米麻，但冬季大部分死亡。因此，萌发菌是天麻种子萌发，进行有性繁殖不可缺少的。
