环境污染防治工程设计资质的办理流程如下：1. 申请人向国家环境保护总局环境污染防治项目专项设计资质审查办公室提出书面申请，领取《环境工程设计资质申请表》一式三份。2. 申请人应当按照要求填写《环境工程设计资质申请表》，并提交有关材料。3. 申请单位为国务院各部门直属单位的，应将填写的《环境工程设计资质申请表》报其所属行业主管部门签署意见，再报国家环保总局审查。4. 其他申请单位应将填写的《环境工程设计资质申请表》报省人民政府行业主管部门和省环保局签署意见，然后报国家环保总局审查。5. 国家环保总局经过审查，对符合条件的申请单位，核发甲级或乙级《环境工程设计资质》；对不符合条件的申请单位，驳回申请，告之理由。需要注意的是，不同的申请单位所属行业主管部门和省人民政府行业主管部门有所差异，具体的申请流程和材料准备可能有所区别，建议根据实际情况进行具体查询和办理。总之，环境污染防治工程设计资质的办理和隶属单位需要根据具体情况进行确定，需要申请人根据所在行业和地区进行具体的了解和申请。
