1959年4月，明仁皇太子与日清面粉社长正田英三郎的长女正田美智子结婚。正田小姐1934年10月20日出生于东京。1953年入圣心大学外国语言文学系专修英国文学。毕业时曾代表全班在毕业典礼上讲话。按照旧王室典规，皇太子妃只能出自王族或五摄家（即近卫、鹰司、一条、二条、九条）和华族。经过皇太子的努力，由首相、王族、众参两院议长和最高法院院长组成的皇室会议一致同意皇太子与正田小姐结婚。正田小姐由此成为日本历史上第一位平民出身的皇后。
婚后，皇太子夫妇应邀对37个国家进行了正式访问。此外，他们每年还到全国各地旅行，接触民众，了解民情。明仁天皇对鱼类研究情有独钟。他在日本《鱼类学》杂志上发表了数十篇专业论文；1986年被授予一个国际性生物学家协会——伦敦林奈协会的名誉会员称号。在所有体育项目中，他最爱打网球。美智子皇后的雅好是弹奏钢琴和竖琴，以及刺绣、纺织和其他手工活。她也非常喜爱文学和茶道。她与日本天皇共同的爱好便是网球，二人当初的传奇恋情就是在网球场上演绎的。 天皇夫妇有二子和一女。在忙于国务的同时，他们尽量抽出时间陪伴孩子，还经常带他们一起前往皇居去拜访爷爷、奶奶，让昭和天皇夫妇尽享饴孙之乐。
明仁天皇的次子礼宫文仁1965年11月30日出生。1988年3月在学习院完成学业后前往英国牛津大学圣约翰学院留学。
女儿纪宫清子1969年4月18日出生，如同两位哥哥那样也师出学习院。后嫁给平民黑田庆树而脱离王籍。 皇太子浩宫德仁是明仁天皇夫妇的长子，1960年2月23日出生在东京。1982年3月毕业于学习院艺术系历史专业，旋即在学习院人文学院攻读博士，专研日本中世纪史。1983年7月，德仁前往牛津大学留学，返日后重入学习院研究日本中世纪史。1980年2月23日，皇室为德仁皇太子举行了成人仪式。此后他便参加了皇室的各种活动，对许多国家进行了正式访问。
1993年，德仁皇太子与美丽的日本外交官小和田雅子结婚，后者也出身平民，是一位具有很高学历和才能的知识女性。随着皇太子妃雅子的产生，日本外务省从此消失了一位年轻有为的女外交官。
德仁皇太子承袭了母亲的音乐天赋，喜欢拉中音提琴和小提琴。在体育运动中，他更偏爱登山，他还是日本阿尔卑斯山协会的会员。
皇太子夫妇的长女敬宫爱子内亲王于2001年12月1日（平成十三年）出生，其宫号及名字均取典于中国儒家经典《孟子》。据宫内厅介绍，“爱”和“敬”出典于中国古籍“四书五经”之一的《孟子·离娄章句下》中的“爱人者、人恒爱之，敬人者、人恒敬之”。现就读于日本学习院小学。 日本明仁天皇的二皇子秋筱宫家有女初长成，秋筱宫的长女、次女分别是23岁的真子及20岁的佳子（2014年）。这对公主姐妹花，因为外型清纯可爱，成为日本御宅族追逐的少女偶像，她们的相片及拟人插图近来在网上大为流传，让日本皇室感到十分困惑。
现在只要在网络检索真子的昵称“真子RINPEN”，就会出来一堆关于真子公主的网站，里面搜集了真子的图像或网友制作的漫画插图等。网友以就读学习院高中的真子为模特儿，创造出卡通人物“真子RINPEN”，并为她做各式各样的造型装扮，有穿水手服、穿军服，还有穿泳衣的真子。现在不只是真子成为偶像，也有越来越多网友迷上就读学习院初中的佳子，网上还出现佳子被同学偷拍的相片。
与真子相关的网站约在三、四年前就大量出现，而真子被偶像化则是在二年前左右。由于现在的女孩大多染头发，但真子却一直保持黑发，再加上真子的外型原本就清纯可人，更容易被塑造成漫画角色。在网上流传的不只是平面插画，还有网友推出真子公主的动画，在“平民拜倒”的动画画面中，真子穿着水手服，背着红色的书包，旁边还写着“真子公主”的英文字样，动画中的真子公主一副蛮横的模样说：“你们知道我是谁吗？要叫我公主！”
熟悉御宅族文化的评论家唐泽俊一表示，男性多少有一点想被高贵女性驾驭、为她奉献一切的欲望，这也是真子会被网络族当成“萌（特别喜爱某件事物）”的对象之原因。另一个原因则是，连清纯偶像酒井法子都因吸毒被逮捕，做出背叛粉丝的行为，而皇室的成员应该不会有什么太严重的越轨之举。宫内厅记者指出，真子本人非常认真，日常生活大半只是安静的读书，她也许还不知道自己在网上受欢迎的程度，不过，或许也有可能听朋友提起过吧！
