马时亨已婚，妻子是王培琪，二人育有两名女儿。大女儿曾在港大攻读教育博士，小女儿在英国会考取得10A成绩。马时亨与王培琪曾是新法书院同学，同年进入香港大学，到1978年在加拿大多伦多重逢，1979年注册结婚。王培琪创办了一间名为全城更新的基督教机构，马时亨受太太影响，在2003年亦领洗成为教徒。马时亨在1996年入籍加拿大，2002年出任局长前放弃加拿大国籍。马时亨喜好打高尔夫球。
根据马时亨2002年上任财经事务及库务局局长时向政府的申报，他名下持有8间物业，1间在香港、2间在中国内地、4间在英国及1间在加拿大，是局长中拥有物业数量第三位。
