安徽省盐业总公司前身是安徽省盐业蔬菜公司。
1980年7月7日，安徽省人民政府皖政【1980】155号文决定，将经营的盐业资产从省盐业蔬菜公司中划开，独立成立安徽省盐业公司。
1991年，根据省政府皖政秘【1991】198号文恢复成立了省盐务管理局，与省盐业公司一套机构，两块牌子，职能分设，合署办公，隶属安徽省商务厅，行使省盐行业的行政管理工作，负责全省食盐及各类盐经营管理和市场供应。
2001年至2002年6月间，安徽省盐业公司隶属安徽省商业协会代管，注册资金变更为4,300万元。
2002年7月，安徽省政府下发《关于原省商务厅12家直属企业与省徽商集团合并重组有关问题的通知》（皖政秘【2002】82号），将省盐业公司划入安徽省徽商集团有限公司，期间安徽省盐业公司变更为安徽省盐业总公司。
2003年4月至2004月6月，根据安徽省编办《关于全省盐业管理体制调整试点工作的通知》（皖编办【2003】51号）和《关于在全省开展盐业管理体制调整工作的通知》（皖编办【2004】64号），完成了全省17个市公司及所辖县公司的人、财、物整体上划至安徽省盐业总公司。
2004年4月，按照《安徽省人民政府机构改革方案实施意见》和安徽省编办《关于省盐务局（盐业总公司）改变隶属关系的通知》（皖编办【2004】58号），省盐业总公司从安徽省徽商集团有限公司划归安徽省发展改革委员会。
2005年3月，省盐业总公司由安徽省发展改革委员会划转至安徽省人民政府国有资产监督管理委员会监管（省脱钩办【2005】4号文）。
2009年8月2日依据《关于增加安徽省盐业总公司本部实收资本的请示》及安徽省人民政府国有资产监督管理委员会2009年8月13日《关于全安徽省盐业总公司转增实收资本的的批复》（皖国资预算函【2009】369号）的规定，公司增加注册资本，变更后的累计注册资本为41,000万元。
